| ? | ||||||||||||
|
||||||||||||
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
| 購買進口儀器、試劑和耗材——就在始于2001年的畢特博生物 www.kjhfd.cn |
迄今為止，經(jīng)典性實驗小鼠品系最為詳細的遺傳圖譜揭示有限的遺傳多樣性
【Towersimper注：本文為譯文，僅用作研究之用，不得用作商業(yè)開發(fā)，轉(zhuǎn)載請標明翻譯者towersimper】 [The Scientist: June 2, 2011 by Megan Scudellari]研究人員已經(jīng)為100種近交系小鼠品種(inbred mouse strain)構建了一些全基因組的、高分辨率的遺傳圖譜。研究人員宣稱，與野生來源的品種相比，今天大多數(shù)經(jīng)典性實驗室品種擁有有限的遺傳多樣性，絕大部分起源于家鼠的單一物種。 這些發(fā)現(xiàn)解決了關于實驗室小鼠的起源和組成問題上相互對抗的觀點。這篇論文發(fā)表在本周的Nature Genetics雜志上，也披露了一個在線工具(http://msub.csbio.unc.edu/)，利用該工具，科學家們就能夠可視化近交系和野生來源小鼠品種的詳細遺傳數(shù)據(jù)和系統(tǒng)進化樹，從而決定那些品種在實驗中可能最為有用。 倫敦大學學院(University College London)的一名神經(jīng)科學家Elizabeth Fisher(未參與該項研究)說，“這是一篇非常好的論文。它解決了這些動物實際的[遺傳]背景上的爭論。”關于這個在線工具，她補充道，“我確信我們將會使用它。” 位于美國緬因州巴港的杰克遜實驗室的一名小鼠遺傳學者Gary Churchill，也是這篇論文的通訊作者，他說，“這些是人們與之已經(jīng)一起工作了大約100年的小鼠”，“有如此高度使用的模式有機體，卻不能真正地理解與野生物種之間的關系，這是令人尷尬的。” 2007年，兩個研究團體關于經(jīng)典性近交性小鼠品種的起源做出不同的結論。一個研究團隊[2]發(fā)現(xiàn)由68%家鼠(Mus musculus domesticus)---來自西歐育種家的“可愛”的馴化小鼠---19%的其他的品種已知的和13%品種起源未知的小鼠組成。使用同樣的公開數(shù)據(jù)，Churchill領導的另一個研究團隊[3]作出的結論為近交系品種更加沒有多樣性：它們遺傳組成中92%都是起源于家鼠(Mus musculus domesticus)，剩下的7%來自起源于其他兩種已知的物種。 在接下來的三年多時間里，Churchill與位于教堂山(Chapel Hill)的北卡羅來納大學(University of North Carolina)的Fernando Pardo-Manuel de Villena合作，設計了一種高密度的基因型分型芯片(genotyping array)和軟件，以高分辨率的方式對上百種小鼠品種進行基因型分型。一旦技術準備好了，研究小組收集了36種野生來源的小鼠品種---Churchil說，“這就是人們直接外出到灌木叢中去抓捕小鼠”---并且分析了它們的遺傳數(shù)據(jù)，確定哪些小鼠種類攜帶哪種單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism, SNP)---DNA序列上單個堿基的變異。這些數(shù)據(jù)隨后用來鑒定100種經(jīng)典性近交系實驗小鼠品種的起源。 他們發(fā)現(xiàn)近交系實驗小鼠品種的基因組在起源上絕大多數(shù)都來自家鼠(M. m. domesticus)---在每種情況下都至少有90%---剩下的幾乎專門地來自日本的一種小鼠物種。Churchill說，“我們重述了2007年我們說過的話，因此它非常好地得到證實。”相比于野外來源的品種，近交系實驗小鼠品種有著明顯更少的遺傳多樣性：標準的實驗小鼠品種攜帶大約1200萬個SNP，而近交系小鼠和野生來源的小鼠品種的后代(2004年Churchill和Pardo-Manuel de Villena發(fā)起的稱作合作性雜交品種[Collaborative Cross][4]的一項工程的一部分)擁有4500萬個SNP。 Churchill說，甚至實驗小鼠基因組上還存在遺傳學上“一片空白”的區(qū)域，在那里沒有發(fā)生遺傳變異。沒有變異，研究人員就沒法測試不同變異體的影響。比如，第10號染色體的相當大的部分在實驗小鼠品種中是完全一樣，在該區(qū)域的基因涉及到壽命。Churchill說，這些區(qū)域可能會鼓舞研究人員整合入更多的野生來源的品種到他們的研究工作中，以便在這些位點上帶來等位基因多樣性。“多樣性再多，你也不會嫌多。” 此外，研究人員收集了來自162個小鼠品種的數(shù)據(jù)，構建了一個可以公開獲得的稱作小鼠進化樹觀察者(Mouse Phylogeny Viewer)的在線工具。在這個網(wǎng)站上，研究人員可以選擇任何一組品種，比較它們之間的相關性如何，觀察它們的起源，甚至還可以研究一下小鼠基因組特定區(qū)域，觀察這些品種單個等位基因上如何進行比較。 Fisher說，這些新的數(shù)據(jù)和在線工具應當有助于研究人員將新的和更加多樣性的小鼠品種加入到他們的研究當中。她說，通過這種新的工具，野生來源的小鼠“并不是如此令人吃驚地不被知曉”，“這篇論文給出的一個極好的事情就是人們很有可能將會理解更加多樣性的品種。” 1. H. Yang, et al., “Subspecific origin and haplotype diversity in the laboratory mouse,” Nature Genetics, doi:10.1038/ng.84, 2011. 2. Kelly A. Fraze et al., "A sequence-based variation map of 8.27 million SNPs in inbred mouse strains", Nature, 30 August 2007: 448, 1050-1053 | doi:10.1038/nature06067. 3. Hyuna Yang et al., "On the subspecific origin of the laboratory mouse", Nature Genetics, 29 July 2007: 39, 1100-1107 | doi:10.1038/ng2087. 4. http://churchill.jax.org/research/cc.shtml. \\生命科學論壇\\ towersimper towersimper博文：http://bbs.bioon.com/bbs/home-space-uid-139460-do-blog-id-91904.html 歡迎進入towersimper空間 ! 注：版權所有，歡迎轉(zhuǎn)載，轉(zhuǎn)載請注明來源作者。 |
購買進口儀器、試劑和耗材——就在始于2001年的畢特博生物
www.kjhfd.cn |
|
