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miRNA的特征、功能及識(shí)別方法等詳解
什么是miRNA
MicroRNAs （miRNAs）是一種大小約21—23個(gè)堿基的單鏈小分子RNA，是由具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的約70-90個(gè)堿基大小的單鏈RNA前體經(jīng)過(guò)Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（雙鏈）但是和siRNA密切相關(guān)。據(jù)推測(cè)，這些非編碼小分子RNA（miRNAs）參與調(diào)控基因表達(dá)，但其機(jī)制區(qū)別于siRNA介導(dǎo)的mRNA降解。第一個(gè)被確認(rèn)的miRNA是在線蟲(chóng)中首次發(fā)現(xiàn)的lin-4 和let-7，隨后多個(gè)研究小組在包括人類、果蠅、植物等多種生物物種中鑒別出數(shù)百個(gè)miRNAs。
miRNA 的特征
已經(jīng)被鑒定的miRNAs據(jù)推測(cè)大都是由具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)、約70個(gè)堿基大小形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)的單鏈RNA前體經(jīng)過(guò)Dicer酶加工后生成的，有5’端磷酸基和3’羥基，大小約21—25nt的小分子RNA片斷，定位于RNA前體的3’端或者5’端。
最近3個(gè)研究小組分別從線蟲(chóng)、果蠅和Hela細(xì)胞中鑒定的100個(gè)新miRNAs中，有15%跨越線蟲(chóng)、果蠅和哺乳動(dòng)物基因組具有高度的保守性（只有有1—2個(gè)堿基的區(qū)別），Lau 和Bartel 實(shí)驗(yàn)室的同事更加認(rèn)為：所有的miRNAs可能在其他物種中具有直向同源物（Ortholog，指那些起源于同一祖先，在不同生物體中行使同一功能的基因群就可比作為一個(gè)門類，這些類似的基因被稱為“直向同源物”）。
Bantam 最早被認(rèn)為是果蠅中參與細(xì)胞增殖的一個(gè)基因位點(diǎn)。已知幾個(gè)包含增強(qiáng)子的轉(zhuǎn)座子插入跨越這個(gè)位點(diǎn)的一段12.3kb區(qū)域會(huì)導(dǎo)致果蠅的眼和翅重復(fù)生長(zhǎng)，而由轉(zhuǎn)座子介導(dǎo)的一段跨越該位點(diǎn)的23kb片斷缺失則導(dǎo)致突變果蠅個(gè)體小于野生型果蠅。Cohen和同事用一段3.85kb的片斷導(dǎo)入21kb片斷缺失的果蠅中使其恢復(fù)原來(lái)的大小。但是奇怪的是表達(dá)這個(gè)3.85kb片斷中的EST卻沒(méi)有同樣的效果。Cohen將這個(gè)片斷和瘧蚊Anopheles gambiae的同源序列進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)一段90bp的高度保守區(qū)，經(jīng)過(guò)RNA folding program （mfold）發(fā)現(xiàn)這個(gè)保守序列可以形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)，使得這個(gè)區(qū)段很象是一個(gè)miRNA的前體。這個(gè)結(jié)果經(jīng)過(guò)Northern blot證實(shí)突變果蠅的幼體缺少一個(gè)21bp的bantam miRNA ，用這個(gè)90bp的mRNA前體經(jīng)過(guò)一系列的“功能缺失”—“功能恢復(fù)”實(shí)驗(yàn)，證實(shí) bantam miRNA在細(xì)胞增殖中的作用。研究人員用計(jì)算機(jī)程序檢索在hid mRNA的3’非編碼區(qū)找到了bantam的3個(gè)潛在的結(jié)合位點(diǎn)（ hid是果蠅中一個(gè)誘導(dǎo)凋亡的基因），并證實(shí) bantam miRNA抑制hid 的翻譯而非轉(zhuǎn)錄。
miRNAs的表達(dá)方式各不相同。部分線蟲(chóng)和果蠅的miRNA在各個(gè)發(fā)育階段的全部細(xì)胞中都有表達(dá)，而其他的miRNA則依據(jù)某種更為嚴(yán)謹(jǐn)?shù)奈幌嗪蜁r(shí)相的表達(dá)模式（a more restricted spatial ａnd temporal expression pattern）——在不同組織、不同發(fā)育階段中miRNA的水平有顯著差異。
miRNA的功能
對(duì)microRNAs （miRNAs）的研究正在不斷增加，原因是科學(xué)家開(kāi)始認(rèn)識(shí)到這些普遍存在的小分子在真核基因表達(dá)調(diào)控中有著廣泛的作用。在線蟲(chóng)，果蠅，小鼠和人等物種中已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的數(shù)百個(gè)miRNAs中的多數(shù)具有和其他參與調(diào)控基因表達(dá)的分子一樣的特征——在不同組織、不同發(fā)育階段中miRNA的水平有顯著差異，這種miRNAs表達(dá)模式具有分化的位相性和時(shí)序性（ differential spatial ａnd temporal expression patterns），提示miRNAs有可能作為參與調(diào)控基因表達(dá)的分子，因而具有重要意義。
第一個(gè)被確認(rèn)的miRNA——在線蟲(chóng)中首次發(fā)現(xiàn)的lin-4 和let-7，可以通過(guò)部分互補(bǔ)結(jié)合到目的mRNA靶的3’非編碼區(qū)（3’UTRs），以一種未知方式誘發(fā)蛋白質(zhì)翻譯抑制，進(jìn)而抑制蛋白質(zhì)合成，通過(guò)調(diào)控一組關(guān)鍵mRNAs的翻譯從而調(diào)控線蟲(chóng)發(fā)育進(jìn)程（reviewed in Pasquinelli 2002）。
bantam miRNA是第一個(gè)被發(fā)現(xiàn)有原癌基因作用的miRNA。除了lin-4、let-7，已知還有一些miRNAs可能參與在細(xì)胞分化和組織發(fā)育過(guò)程中起重要作用的基因的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，例如mir-14、mir-23 等。
在植物miRNAs的研究中有兩條線索提示miRNAs可能參與植物的發(fā)育過(guò)程。一是在carpel factory （car） 突變株中3個(gè)miRNAs的表達(dá)水平顯著下降。CARPEL FACTORY 是一個(gè)類似Dicer的酶，參與植物的發(fā)育，其缺失突變株表現(xiàn)為胚胎和葉片發(fā)育的缺陷。實(shí)驗(yàn)結(jié)果提示這種缺陷是由于缺少miRNAs加工而造成的。多數(shù)的植物miRNAs在某些特定組織中高水平表達(dá)也提示他們可能參與了植物組織的發(fā)育。
對(duì)一部分miRNAs的研究分析提示：miRNAs參與生命過(guò)程中一系列的重要進(jìn)程，包括早期發(fā)育（Reinhart 2000），細(xì)胞增殖，細(xì)胞凋亡，細(xì)胞死亡（Brennecke 2003），脂肪代謝（Xu 2003）和細(xì)胞分化（Kawasaki 2003）。此外，一個(gè)研究表明，2個(gè)miRNAs水平的下降和慢性淋巴細(xì)胞白血病之間的顯著相關(guān)，提示miRNAs和癌癥之間可能有潛在的關(guān)系（Calin 2002）。
由于miRNAs存在的廣泛性和多樣性，提示miRNAs可能有非常廣泛多樣的生物功能。盡管對(duì)miRNA的研究還處于初級(jí)階段，據(jù)推測(cè)miRNAs在高級(jí)真核生物體內(nèi)對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控作用可能和轉(zhuǎn)錄因子一樣重要。有一種看法是：miRNAs可能代表在一個(gè)新發(fā)現(xiàn)的層次上的基因表達(dá)調(diào)控方式。
然而，大多數(shù)miRNAs的功能仍然是個(gè)謎。
miRNA的作用方式
最早被發(fā)現(xiàn)的兩個(gè)miRNAs——lin-4 ａnd let-7被認(rèn)為是通過(guò)不完全互補(bǔ)結(jié)合到目標(biāo)靶mRNA 3’非編碼區(qū)端，以一種未知方式誘發(fā)蛋白質(zhì)翻譯抑制，進(jìn)而抑制蛋白質(zhì)合成，阻斷mRNA的翻譯。多個(gè)果蠅miRNAs也被發(fā)現(xiàn)和他們的目標(biāo)靶mRNAs的3’非編碼區(qū)有部分同源。由于miRNAs和其潛在的目標(biāo)靶之間并非完全互補(bǔ)，這使得通過(guò)信息學(xué)的方法鑒定miRNA的目標(biāo)靶位點(diǎn)變得困難。因而也無(wú)法確定miRNAs的作用方式是什么，以何種機(jī)制影響mRNA的翻譯，以何種方式調(diào)控基因表達(dá)。miRNAs的作用目標(biāo)靶和活性機(jī)制一直是各地的研究人員的關(guān)注熱點(diǎn)。
在植物中目前有一個(gè)miRNA和3個(gè)潛在的目標(biāo)靶基因完全互補(bǔ)（這些scarecrow 基因編碼潛在的轉(zhuǎn)錄因子），盡管目前還不清楚這些基因是否就是miRNA的目標(biāo)靶，這仍是第一次發(fā)現(xiàn)miRNA 和其潛在的目標(biāo)靶完全互補(bǔ)，也提示miRNA可能包含和siRNA類似的作用方式。
識(shí)別 miRNAs的方法
多個(gè)研究小組采用生物化學(xué)結(jié)合是生物信息學(xué)的方法開(kāi)展對(duì)miRNAs的研究工作。由于據(jù)推測(cè)都是由Dicer酶降解RNA得到的，21—23個(gè)堿基大小、有5’端磷酸基和3’羥基的RNA片斷，有的實(shí)驗(yàn)室采用改良的定向克隆方法來(lái)篩選具有相同特征的小分子——篩選一定大小的RNA分子，連接到3’和5’的適配子（adapters），逆轉(zhuǎn)錄并通過(guò)PCR擴(kuò)增、亞克隆并測(cè)序。miRNA前體在基因組上的定位和聚類是通過(guò)向基因組數(shù)據(jù)庫(kù)查詢進(jìn)行。這個(gè)方法有助于判斷miRNAs是否是mRNAs、tRNAs、rRNAs等分子的降解產(chǎn)物。生物信息學(xué)的方法被鑒別出來(lái)，已經(jīng)鑒別出來(lái)的miRNAs只不過(guò)是滄海一粟，由于很多已經(jīng)鑒別出來(lái)的miRNAs是從單個(gè)克隆中鑒別出來(lái)的，所以可以假設(shè)還有很多miRNAs在分離和鑒定過(guò)程中被“漏掉”了，測(cè)序工作還遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠。
有的實(shí)驗(yàn)室通過(guò)一種RNA folding program ’mfold’ 來(lái)判斷C. elegans 和C. briggsae 之間的高度保守區(qū)域是否含有潛在的miRNA前體，然后用Northern Blots的方法來(lái)確定這些miRNAs是否真的表達(dá)了。
盡管有數(shù)百個(gè)miRNAs通過(guò)生化或者是
1） miRNA的計(jì)算機(jī)RNA組學(xué)方法
生物信息學(xué)方法是依據(jù)在不同的物種中，其成熟的miRNA 具有較大的序列同源性以及前體的莖環(huán)結(jié)構(gòu)具有相當(dāng)大的保守性這一特征在基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索新的miRNA 基因。該方法根據(jù)比較基因組學(xué)原理并結(jié)合生物信息軟件在已測(cè)序基因組中進(jìn)行搜索比對(duì)，根據(jù)同源性的高低再進(jìn)行RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，將符合條件的候選miRNA與已經(jīng)通過(guò)實(shí)驗(yàn)鑒定的miRNA分子進(jìn)行比較分析，最終確定該物種miRNA的分布及數(shù)量。近年來(lái)隨著miRNA預(yù)測(cè)方法的不斷發(fā)展，人們發(fā)現(xiàn)的miRNA數(shù)量呈幾何級(jí)數(shù)增長(zhǎng)。這些預(yù)測(cè)方法從簡(jiǎn)單的序列比對(duì)搜索發(fā)展到現(xiàn)在的機(jī)器學(xué)習(xí)算法，程序設(shè)計(jì)越來(lái)越智能化，復(fù)雜化。
隨著人miRNA基因轉(zhuǎn)錄出的pri-miRNA迅速加工成具有莖環(huán)結(jié)構(gòu)的pre-miRNA，隨后被切割成miRNA：miRNA*雙體，并被選擇性地組合進(jìn)核糖核酸沉默誘導(dǎo)復(fù)合體（RISC）并進(jìn)行靶基因識(shí)別。在相似的物種中，miRNA是很保守的；但在相距較遠(yuǎn)的物種間，miRNA又有一定的分歧，尤其體現(xiàn)在pre-miRNA上。這些miRNA功能作用機(jī)制的闡明為預(yù)測(cè)軟件的研發(fā)提供了理論依據(jù)，但仍需要不斷修補(bǔ)和完善。近年來(lái)，幾個(gè)基于這些規(guī)則的miRNA預(yù)測(cè)程序先后被開(kāi)發(fā)（表1.1），并被廣泛使用。
2） miRNA的靶基因預(yù)測(cè)方法
miRNA的研究意義之重大是毋庸置疑的。然而，與新的miRNA的頻頻發(fā)現(xiàn)相比，miRNA的功能研究相對(duì)緩慢。到目前為止，在發(fā)現(xiàn)的4449多個(gè)miRNA中，確定功能的miRNA僅有幾十個(gè)。導(dǎo)致miRNA功能研究進(jìn)展緩慢的非常重要的原因是miRNA的作用靶標(biāo)難以確定。事實(shí)上，通過(guò)實(shí)驗(yàn)方法確定miRNA的作用靶標(biāo)非常耗時(shí)，目前尚無(wú)高通量的靶標(biāo)鑒定方法。因此，通過(guò)理論方法預(yù)測(cè)miRNA的作用靶標(biāo)成為當(dāng)前識(shí)別miRNA作用靶標(biāo)的較為理想的途徑。以下重點(diǎn)介紹幾種經(jīng)典預(yù)測(cè)軟件的算法分析，其他軟件（表1.2）請(qǐng)查看相應(yīng)網(wǎng)站
miRNA和siRNA的關(guān)系
miRNA和siRNA之間的關(guān)系令人迷惑。從表面上說(shuō)，一個(gè)是非編碼的單鏈小分子RNA，在進(jìn)化上高度保守，通過(guò)翻譯抑制調(diào)控基因表達(dá)而不影響轉(zhuǎn)錄本的穩(wěn)定性；另一個(gè)是針對(duì)編碼區(qū)的雙鏈小分子RNA，每個(gè)轉(zhuǎn)錄本都可能有很多個(gè)siRNAs，是通過(guò)降解目標(biāo)靶，在轉(zhuǎn)錄后調(diào)控基因表達(dá)。由于每個(gè)mRNA模版可能產(chǎn)生很多個(gè)siRNAs，要給每個(gè)siRNA定一個(gè)基因的名字就很困難。miRNA是進(jìn)化進(jìn)程中高度保守的，因此給直向同源物一個(gè)同樣的名字可能有助于了解他們的功能，而給另一個(gè)物種中一段無(wú)關(guān)的序列一個(gè)同樣的名字就容易造成混亂。
然而，據(jù)推測(cè)miRNAs通常是由較大的（7090 nt）的莖環(huán)結(jié)構(gòu)（發(fā)夾結(jié)構(gòu)）前體經(jīng)Dicer酶切割得到的，而Dicer同樣負(fù)責(zé)將長(zhǎng)雙鏈RNA切割為siRNA，而且二者的長(zhǎng)度也差不多，同樣有調(diào)控基因表達(dá)功能。因而這兩類小分子RNA之間的關(guān)系格外令人關(guān)注。
兩個(gè)廣為人知的miRNA——在線蟲(chóng)中首次發(fā)現(xiàn)的lin-4 和let-7，可以通過(guò)部分互補(bǔ)結(jié)合到目的mRNA靶的3’非編碼區(qū)（3’UTRs），通過(guò)一種未知方式誘發(fā)蛋白質(zhì)翻譯抑制從而抑制蛋白質(zhì)合成。這種結(jié)合并不誘導(dǎo)mRNA靶的降解，就是說(shuō)作為翻譯抑制子本身不影響對(duì)應(yīng)mRNA的豐度，其原因據(jù)推測(cè)是由于miRNA和結(jié)合位點(diǎn)之間不完全互補(bǔ)。這就區(qū)別于siRNA的介導(dǎo)的mRNA的降解。但是其他一些miRNAs可能以類似siRNA的方式介導(dǎo)目的RNA的降解。實(shí)驗(yàn)表明引入和let-7目的mRNA靶完全互補(bǔ)的miRNA會(huì)誘導(dǎo)mRNA靶的降解。還有實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明一些miRNA，包括在植物中發(fā)現(xiàn)的Scarecrow miRNA，能結(jié)合完全互補(bǔ)的mRNA鏈從而降解mRNA序列，抑制蛋白合成。這提示miRNAs可以和siRNAs一樣作用，這兩種小分子RNA作用通路可能有重疊的部分。這種重疊同樣提示siRNAs可能也有和miRNAs同樣的功能。
一個(gè)很有趣的實(shí)驗(yàn)證實(shí)這個(gè)觀點(diǎn)：Doench和同事挑選一個(gè)已知在體內(nèi)可以有效使CXCR4基因沉默的siRNA，然后在熒光素酶報(bào)告基因的3’端插入對(duì)應(yīng)的CXCR4結(jié)合位點(diǎn)——其中一個(gè)拷貝是插入一個(gè)完全匹配的CXCR4結(jié)合位點(diǎn)，另一個(gè)拷貝插入4個(gè)只有3’和5’端匹配，而中間不同的CXCR4結(jié)合位點(diǎn)，這樣選定的siRNA就不能完全結(jié)合到這個(gè)結(jié)合位點(diǎn)——中間形成一個(gè)突起的不匹配的環(huán)。將這兩個(gè)拷貝轉(zhuǎn)入Hela細(xì)胞并用siRNA誘導(dǎo)基因沉默。結(jié)果很有趣——兩個(gè)實(shí)驗(yàn)都錄得熒光素酶活性下降了超過(guò)10倍，RT-PCR和Northern分析證實(shí)，第一個(gè)實(shí)驗(yàn)的熒光素酶轉(zhuǎn)錄本下降了超過(guò)10倍，這正是正常的siRNA介導(dǎo)的RNAi反應(yīng)，目標(biāo)靶mRNA降解導(dǎo)致表達(dá)水平的下降，而第二個(gè)實(shí)驗(yàn)中熒光素酶轉(zhuǎn)錄本僅僅下降1.2倍，這種目的基因表達(dá)水平下看起來(lái)象源于miRNA介導(dǎo)的翻譯抑制降，而不是siRNA介導(dǎo)的影響mRNA的穩(wěn)定性導(dǎo)致。實(shí)驗(yàn)表明：siRNA可能以miRNA的方式作用于mRNA。實(shí)驗(yàn)人員還進(jìn)行了另一個(gè)實(shí)驗(yàn)：改變第二個(gè)實(shí)驗(yàn)中的不匹配環(huán)的堿基序列看起來(lái)不影響抑制效果，但是siRNA和報(bào)告基因上的結(jié)合位點(diǎn)的匹配程度越高抑制效果越好，增加siRNA的量，抑制效果越好——這一點(diǎn)和siRNA抑制的情況一樣——唯一不同的是：完全匹配的結(jié)合位點(diǎn)（siRNA作用方式）可以單獨(dú)起作用而相互不影響，而增加不完全配對(duì)的結(jié)合位點(diǎn)（注意在第二個(gè)實(shí)驗(yàn)中用了4個(gè)CXCR4結(jié)合位點(diǎn)）的個(gè)數(shù)對(duì)翻譯抑制有顯著的加乘作用。
在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中還沒(méi)有找到內(nèi)源的siRNA，外源的siRNA介導(dǎo)的RNAi作用正是一種抵御機(jī)制。而miRNAs則廣泛存在于哺乳動(dòng)物細(xì)胞中，從理論上推測(cè)可能參與多種調(diào)控作用。這兩種小東西的作用機(jī)制和相互關(guān)系的本質(zhì)就顯得更加撲朔迷離。如何在實(shí)驗(yàn)中正確鑒定siRNA和miRNA，甚至是其他的小分子RNA都成為一個(gè)值得關(guān)注的問(wèn)題。 |
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